Cuộc bắc tiến năm 1786 là cuộc chiến chính thức giữa Tây Sơn và Trịnh trên danh nghĩa là hai thực thể chính trị độc lập. Cuộc chiến kết thúc với thắng lợi hoàn toàn của Tây Sơn, chính quyền họ Trịnh cai trị Bắc Hà hơn 200 năm bị đánh đổ. Nhưng vua Tây Sơn Nguyễn Nhạc không vui mừng mà trái lại tỏ ra lo lắng vì sợ khó kìm chế được Nguyễn Huệ[15] nên đã đích thân ra Bắc Hà rút toàn bộ quân đội trở về nam[25].

Sau cái chết của Trịnh Tông, các lực lượng họ Trịnh còn nổi dậy khôi phục, nhưng bị Nguyễn Hữu Chỉnh đánh bại. Bản thân Hữu Chỉnh sau lần ra bắc năm 1786 cũng tự ý ly khai Tây Sơn khi anh em Tây Sơn rút quân về Nam (do Nguyễn Nhạc không chủ ý chiếm đóng Bắc Hà). Vì vậy, cuộc chiến sau này giữa họ Trịnh và Nguyễn Hữu Chỉnh (cũng nhân danh phù Lê) là cuộc chiến nội bộ của Bắc Hà, không còn vai trò trực tiếp của Tây Sơn. Cuộc chiến này cũng khởi đầu cho việc xây dựng lực lượng và lãnh thổ riêng của Nguyễn Huệ trong lòng chính quyền Tây Sơn dẫn đến việc bắt đầu chia rẽ nội bộ (giữa Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ). Tuy lần này Tây Sơn rút đi mà chưa ở lại chiếm giữ Bắc Hà nhưng thực tế sau này cho thấy hầu hết lãnh thổ mà Nguyễn Huệ thực sự quản lý khi làm hoàng đế (toàn bộ Bắc Hà kéo dài đến Quảng Nam) chính là những vùng đất ông đánh chiếm được của họ Trịnh từ cuộc chiến này.

Chiến tranh Trịnh-Tây Sơn kết thúc với chiến dịch Thăng Long 1786, được nhiều sử gia ghi nhận là mốc thời gian đánh dấu thời điểm thống nhất quốc gia Đại Việt – dù trong thời gian không dài - dưới chính quyền Tây Sơn[26][27].